Situé dans les bâtiments de l'ancien hôtel de ville de Warneton, le Musée d'archéologie recueille et présente le matériel archéologique exhumé dans la région de Comines-Warneton à l'occasion de fouilles organisées ou de sauvetage, ou même lors de découvertes fortuites.
Le musée présente les découvertes de la préhistoire, l'époque gallo-romaine et le moyen âge sous forme d'un bilan archéologique des différentes campagnes de fouilles organisées dans l'entité de Comines-Warneton.

On y retrouve les ossements d'animaux (défense de mammouth, molaire de rhinocéros laineux), quelques vestiges néolithiques et d'autres remontant aux âges des métaux, les découvertes du village gallo-romain de Ploegsteert. Plusieurs vitrines développent différents thèmes. Une attention plus particlulière est accordée aux puits en bois tressé de cette époque pour terminer par les découvertes de l'époque pour terminer par les découvertes de l'époque médiévale: fouilles de l'église Saint-Martin de Bas-Warneton et de la motte du château de Warneton. La dernière vitrine enfin montre les découvertes faites en 1930 dans la Morte-Lys à Comines: des armes, des bombes et des boulets de Canon.